Sekolah Kebangsaan Nanga Bena telah dibina pada tahun 1965 di sebuah tapak seluas 1.63 ekar. Sekolah ini telah dirasmikan oleh YB Tan Sri Temenggong Jugah ak Barieng(Tun). Pada mulanya sekolah ini ditadbir oleh Majlis Daerah Kapit kemudian diserahkan kepada Kementerian Pelajaran Malaysia sehingga kini. Sekolah ini telah dipimpin oleh beberapa orang guru besar.
1. En. Francis Engkong (1965-1966) 2. En. Fooster Abun (1967-1968) 3. En. Nyanggai (1968-1969) 4. En. Philip Linggang (1969-1971) 5. En. Eugene Pengajar (1972-1977) 6. En. Beribon Galang (1978-1987) 7. En. Anthony Bin Gabang (1987-1994) 8. En. Henry Mamut (1994-1999) 9. En. Christoper Kayan Ak Buda (1999- sekarang...)